Jennifer Garner wuchs in Texas als Kind einer Englischlehrerin und eines Ingenieurs auf. Sie hat zwei Schwestern und bezeichnet ihre Erziehung selbst als sehr konservativ. Schon als Kind entdeckte sie ihre Leidenschaft für die Bühne und nahm zu diesem Zweck jahrelang Ballettunterricht. Dennoch begann sie nach der Highschool zunächst ein Studium der Chemie, bevor sie an der Uni ins Schauspielfach wechselte und in einigen Theaterstücken mitspielte.
Ein Umzug nach New York bescherte der Schauspielerin erste kleine Rollen in Fernsehserien. Richtig in Schwung kam ihre Karriere jedoch erst durch den Umzug nach Los Angeles. Einem breiten Publikum bekannt wurde sie 2001 durch die Hauptrolle in der Actionserie "Alias - Die Agentin", für die sie unter anderem den Golden Globe erhielt. Die bekanntesten Kinofilme auf ihrem langen Steckbrief sind die Komödie "30 über Nacht" sowie die Comicverfilmungen "Elektra" und "Daredevil".
Von 2000 bis 2003 war Jennifer Garner mit dem Schauspieler und Filmproduzenten Scott Foley verheiratet. Außerdem hatte sie eine Beziehung mit dem Schauspieler Michael Vartan. Bei den Dreharbeiten zu "Daredevil" lernte die Schauspielerin schließlich ihren Kollegen Ben Affleck kennen, den sie 2005 heiratete. Seitdem heißt sie mit bürgerlichem Namen Jennifer Affleck. Die beiden haben zwei Töchter und einen Sohn.